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Moduli di programmazione per la bioinformatica
Lingue del corso italiano/inglese,
materiale del corso in lingua inglese

MODULO 7
Programmazione avanzata per la bioinformatica

Docenti
Dr. Paolo Provero, Dr. Ugo Ala, Dr. Christian Damasco,
Dr. Rosario M. Piro, Dr. Davide Corà

SEDE
Molecular Biotecnology Center, Università di Torino
via Nizza 52, Torino

DATE
9/13 giugno 2008

DURATA
5 giorni


QUOTA DI ISCRIZIONE:
€ 350.00
iva inclusa

Prerequisiti
conoscenza elementare del linguaggio Perl. conoscenza della biologia molecolare a livello universitario

 

Il corso si propone di introdurre le tecniche avanzate di programmazione in Perl piu' usate nell'ambito della bioinformatica, con particolare riguardo all'uso e alla creazione di moduli e all'uso di Perl per interrogare database genomici. Il corso si articola in cinque giorni. La mattina (3 ore) è dedicata a introdurre nuovi concetti e metodi, corredati da esempi pratici. Il pomeriggio è interamente dedicato a esercitazioni pratiche su piattaforma Linux. Le esercitazioni consisteranno nell'elaborazione di programmi in Perl utili per risolvere comuni problemi di bioinformatica.

 

Argomenti

Giorno 1
Programmazione modulare in Perl
Installazione e uso e di moduli esistenti
Scrittura di moduli propri
Cenni sulla programmazione a oggetti

Esercitazione: un modulo per l'analisi di sequenze nucleotidiche.

Giorno 2
Strutture di dati complesse
Algoritmi di string matching e programmazione dinamica
Esercitazione: programmazione dinamica e pattern-matching

Giorno 3
Moduli per l'interrogazione di database
Installazione locale e interrogazione via Perl del database di Gene Ontology
Esercitazione: programmi sulla struttura di Gene Ontology
Giorno 4
Introduzione a Bioperl
I moduli per il trattamento delle ontologie
Esercitazione: interrogazione del Flybase Controlled Vocabulary

Giorno 5
Introduzione alle API di Ensembl
Sequenze gnomiche
Repeats e mascheramento
Informazione sugli allineamenti

Esercitazione: scaricamento di sequenze geniche da Ensembl

 

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MODALITA’ DI PARTECIPAZIONE


I moduli DI TUTTI I LIVELLI non hanno propedeuticità, possono essere frequentati in numero variabile a seconda degli interessi e delle necessità di aggiornamento di ciascuno.

Non è prevista selezione, ma per facilitare l’autovalutazione del livello di ingresso da parte dei partecipanti ad ogni modulo sono associati i requisiti minimi consigliati per una partecipazione efficace.

I moduli in presenza sono a numero chiuso, i posti disponibili 20 e vengono assegnati in ordine di iscrizione. Quanti fossero in lista di attesa avranno precedenza sulla partecipazione all’edizione successiva del modulo prescelto, ma ovviamente nessun obbligo.

I moduli non vengono attivati per un numero di iscritti inferiore ai 10.

Ogni modulo teorico è affiancato da esercitazioni pratiche.

L’orario delle lezioni previsto per tutti i moduli in presenza è 10.00-17.00, ma la durata di ciascun modulo varia. Costi di iscrizione e durata sono indicati alla fine del programma di ciascun modulo.

NB. Le date possono subire lievi modifiche in base alla disponibilità dei docenti

Le lezioni si terranno dalle ore 10 alle ore 17 presso il Molecular Biotechnology Centre, dell’Università di Torino, via Nizza 52, Torino.

Per iscriversi, spedire on-line la registration form disponibile sul sito

Il costo di iscrizione è indicato all'inizio della pagina di ciascun modulo; comprende la partecipazione alle lezioni, il materiale didattico e l'attestato di partecipazione


MODALITA’ DI PAGAMENTO

La quota deve essere versata, dopo aver ricevuto messaggio di conferma da parte della segreteria organizzativa, attraverso bonifico bancario sul conto corrente i cui estremi sono i seguenti:

Fondazione per le Biotecnologie
Istituto Bancario Intesa San Paolo di Torino, Ag. 1
CODICE IBAN: IT81 Q030 6901 0011 0000 0104 365
Causale del versamento: cognome del partecipante e nome del modulo

Con carta di credito cliccando sull'immagine sottostante

   

 

VITTO, ALLOGGIO e TRASPORTI


La segreteria organizzativa provvederà ad inviare un elenco degli hotel consigliati nella zona della sede dei corsi, che è centrale, ben servita con i mezzi pubblici e comoda dalla stazione ferroviaria Porta nuova di Torino.
Informazioni più dettagliate, con indirizzi, recapiti e piantine, arriveranno via mail ai partecipanti dei corsi.

Per informazioni siete invitati a contattare la segreteria organizzativa ai recapiti in calce.

Claudia Mondino
Fondazione per le Biotecnologie
Villa Gualino
Viale Settimio Severo 63
10133 - TORINO
tel. 011 6600187
fax. 011 6600708
claudia.mondino@fobiotech.org
www.fobiotech.org
www.elearning.fobiotech.org