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LIVELLO AVANZATO
Lingue del corso italiano/inglese,
materiale del corso in lingua inglese

MODULO 3
Introduzione alla bioinformatica avanzato

Docenti
Prof. Ferdinando Di Cunto, Prof. Mauro Fasano,
Dr. Christian Damasco, Dr. Ugo Ala

SEDE 1
Molecular Biotecnology Center, Università di Torino
via Nizza 52, Torino

DATE
29/30 settembre 2008

DURATA
2 giorni

QUOTA DI ISCRIZIONE
€ 144.00 iva inclusa

Prerequisiti
conoscenze di fisica e chimica e biologia molecolare a livello universitario; conoscenza del significato dei principali database biologici

 

Il sequenziamento del genoma umano, con tutti i relativi sviluppi tecnologici, ha determinato una svolta epocale nella ricerca biologica. Infatti, nel giro di pochissimi anni si è passati da una condizione in cui era fondamentale l’acquisizione di conoscenze sulla struttura e la funzione dei singoli geni e dei loro prodotti ad una situazione in cui questo tipo di informazione non è più considerato limitante.
Le principali banche dati pubbliche contengono oggi una enorme quantità di informazioni sulla struttura e la funzione dei geni di moltissimi organismi. I principali programmi bioinformatici rappresentano uno strumento fondamentale per poter utilizzare efficientemente queste informazioni a fini di ricerca. Questo corso è dedicato soprattutto a coloro che, per scopi di ricerca, debbano utilizzare strumenti di tipo bioinformatico. Il corso si propone di fornire i principi teorici fondamentali per capire il funzionamento dei principali algoritmi, e per poterne sfruttare tutte le potenzialità. Inoltre verrà dato ampio spazio ad esercitazioni pratiche su casi reali. I partecipanti sono incoraggiati a proporre sequenze di loro interesse.

 

Argomenti

  • Valutazione della similitudine tra due sequenze mediante Dot Plot

  • Allineamento globale e locale di coppie di sequenze

  • Principi di funzionamento del programma BLAST

  • Modifica dei principali parametri di BLAST per un utilizzo avanzato

  • matrici di similitudine posizione-specifica (PSSM)

  • PSI-BLAST come strumento per la ricerca di omologia

  • Esercitazioni: definizione di PSSM per una famiglia di proteine

  • Allineamento multiplo: CLUSTALW

  • Modellizzazione di allineamenti multipli: famiglie di domini conservati

  • Predizione di strutture geniche in sequenze genomiche: GeneScan

  • Integrazione tra metodi di allineamento e metodi predittivi nella definizione delle strutture geniche

  • Correlazione sequenza struttura

  • Determinazione sperimentale della struttura proteica. Diffrazione raggi x, NMR

  • Analisi ed interrogazione del Protein Data Bank

  • Metodi predittivi

  • Metodi comparativi (per omologia)

  • Threading/Fold recognition

  • Metodi ab initio

  • Validazione del modello

 

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MODALITA’ DI PARTECIPAZIONE


I moduli DI TUTTI I LIVELLI non hanno propedeuticità, possono essere frequentati in numero variabile a seconda degli interessi e delle necessità di aggiornamento di ciascuno.

Non è prevista selezione, ma per facilitare l’autovalutazione del livello di ingresso da parte dei partecipanti ad ogni modulo sono associati i requisiti minimi consigliati per una partecipazione efficace.

I moduli in presenza sono a numero chiuso, i posti disponibili 20 e vengono assegnati in ordine di iscrizione. Quanti fossero in lista di attesa avranno precedenza sulla partecipazione all’edizione successiva del modulo prescelto, ma ovviamente nessun obbligo.

I moduli non vengono attivati per un numero di iscritti inferiore ai 10.

Ogni modulo teorico è affiancato da esercitazioni pratiche.

L’orario delle lezioni previsto per tutti i moduli in presenza è 10.00-17.00, ma la durata di ciascun modulo varia. Costi di iscrizione e durata sono indicati alla fine del programma di ciascun modulo.

NB. Le date possono subire lievi modifiche in base alla disponibilità dei docenti

Le lezioni si terranno dalle ore 10 alle ore 17 presso il Molecular Biotechnology Centre, dell’Università di Torino, via Nizza 52, Torino.

Per iscriversi, spedire on-line la registration form disponibile sul sito

Il costo di iscrizione è indicato all'inizio della pagina di ciascun modulo; comprende la partecipazione alle lezioni, il materiale didattico e l'attestato di partecipazione

MODALITA’ DI PAGAMENTO

La quota deve essere versata, dopo aver ricevuto messaggio di conferma da parte della segreteria organizzativa, attraverso bonifico bancario sul conto corrente i cui estremi sono i seguenti:

Fondazione per le Biotecnologie
Istituto Bancario Intesa San Paolo di Torino, Ag. 1
CODICE IBAN: IT81 Q030 6901 0011 0000 0104 365
Causale del versamento: cognome del partecipante e nome del modulo

Con carta di credito cliccando sull'immagine sottostante

   

 

VITTO, ALLOGGIO e TRASPORTI


La segreteria organizzativa provvederà ad inviare un elenco degli hotel consigliati nella zona della sede dei corsi, che è centrale, ben servita con i mezzi pubblici e comoda dalla stazione ferroviaria Porta nuova di Torino.
Informazioni più dettagliate, con indirizzi, recapiti e piantine, arriveranno via mail ai partecipanti dei corsi.

Per informazioni siete invitati a contattare la segreteria organizzativa ai recapiti in calce.

Claudia Mondino
Fondazione per le Biotecnologie
Villa Gualino
Viale Settimio Severo 63
10133 - TORINO
tel. 011 6600187
fax. 011 6600708
claudia.mondino@fobiotech.org
www.fobiotech.org
www.elearning.fobiotech.org