Analisi di Microarrays: algoritmi di clustering

Scuola di bioinformatica
ANALISI DI MICROARRAYS: ALGORITMI DI CLUSTERING
Dal 29 settembre 2010 al 1 ottobre 2010
Responsabile Scientifico: Paolo Provero, Dip. Genetica, Biologia e Biochimica, Università di Torino
Sede: Molecular Biotechnology Center, Università di Torino

LIVELLO AVANZATO
Lingue del corso italiano/inglese,
materiale del corso in lingua inglese

MODULO 4
Analisi di Microarrays: algoritmi di clustering

Docenti
Prof. Paolo Provero

SEDE
Molecular Biotecnology Center, Università di Torino
via Nizza 52, Torino

DURATA
3 giorni

QUOTA DI ISCRIZIONE
€ 165.00 + IVA 20% (totale € 198,00)

Prerequisiti
Biologia molecolare a livello universitario.
Conoscenza di base della tecnologia dei microarray.

Algoritmi di clustering per l’elaborazione di dati di espressione genica su vasta scala.
I metodi sperimentali moderni, e in particolare i vari tipi di microarrays, generano un’enorme quantità di dati: tipicamente viene simultaneamente misurato il livello di espressione di decine di migliaia di geni in decine di situazioni sperimentali. Il problema è quindi di organizzare questi dati in modo da evidenziare i pattern significativi dal punto di vista biologico. Il seminario, a numero chiuso,  è rivolto sia ai ricercatori che si trovano oggi a dover decidere l’utilizzo di nuovi e potenti strumenti di analisi quali i microarrays, sia a coloro che si propongono di estrarre dai dati di microarray già pubblicati, e disponibili in banche dati pubbliche, informazioni rilevanti per i problemi biologici di proprio interesse.

Programma

Introduzione
• Studio dell’espressione genica: microarrays e altre piattaforme
• Espressione genica e genomica funzionale
• Dati di pubblico dominio: GEO

Class comparison
• Identificazione di geni differenzialmente espressi
• Il problema dei test multipli

Class discovery
• Coespressione, coregolazione e interazione funzionale
• Misure di coespressione
• Clustering

Analisi funzionale di insiemi di geni
• Vocabolari controllati per l’annotazione funzionale: Gene Ontology
• Sovrarappresentazione di classi di geni
• Gene Set Enrichment Analysis

Classificazione di patologie
• Analisi di sopravvivenza
• Gene expression signatures per la classificazione dei pazienti

Case studies
• Annotazione di geni di funzione ignota
• Ricerca di geni-malattia

Modalità’ di partecipazione

I moduli DI TUTTI I LIVELLI non hanno propedeuticità, possono essere frequentati in numero variabile a seconda degli interessi e delle necessità di aggiornamento di ciascuno.Non è prevista selezione, ma per facilitare l’autovalutazione del livello di ingresso da parte dei partecipanti ad ogni modulo sono associati i requisiti minimi consigliati per una partecipazione efficace. I moduli in presenza sono a numero chiuso, i posti disponibili 30 e vengono assegnati in ordine di iscrizione. Quanti fossero in lista di attesa avranno precedenza sulla partecipazione all’edizione successiva del modulo prescelto, ma ovviamente nessun obbligo. I moduli non vengono attivati per un numero di iscritti inferiore ai 10.

Ogni modulo teorico è affiancato da esercitazioni pratiche. L’orario delle lezioni previsto per tutti i moduli in presenza è 10.00-17.00, ma la durata di ciascun modulo varia. Costi di iscrizione e durata sono indicati alla fine del programma di ciascun modulo.

NB. Le date possono subire lievi modifiche in base alla disponibilità dei docenti

Per iscriversi, spedire on-line la registration form

Il costo di iscrizione comprende la partecipazione alle lezioni, il materiale didattico e l’attestato di partecipazione

Modalità di pagamento

La quota deve essere versata, dopo aver ricevuto messaggio di conferma da parte della segreteria organizzativa, tramite bonifico bacario o carta di credito.

1 Bonifico bancario

Fondazione per le Biotecnologie
BANCA PROSSIMA
Filiale 500 Milano
c/c 10943
IBAN IT93S0335901600100000010943
BIC BCITITMX
Causale del versamento: cognome del partecipante e nome del modulo

2 Carta di credito

Vitto, alloggio e trasporti
La segreteria organizzativa provvederà ad inviare un elenco degli hotel consigliati nella zona della sede dei corsi, che è centrale, ben servita con i mezzi pubblici e comoda dalla stazione ferroviaria Porta Nuova di Torino.
Informazioni più dettagliate, con indirizzi, recapiti e piantine, arriveranno via mail ai partecipanti dei corsi.

Per informazioni siete invitati a contattare la

segreteria organizzativa
Elisabetta Lombardini
Fondazione per le Biotecnologie
Villa Gualino
Viale Settimio Severo 63
10133 – TORINO
tel. 011 6600187
fax. 011 6600708
elisabetta.lombardini@fobiotech.org
www.elearning.fobiotech.org

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